Po kontroli podatkowej może być wszczęta kontrola celno-skarbowa

Naczelnik US jest związany zasadą zakazu powtórnych kontroli o tym samym przedmiocie, określoną w art. 58 ust. 1 Pp, a stosowaną odpowiednio do kontroli podatkowej na podstawie art. 291c Op. Zasada ta nie ma natomiast zastosowania do kontroli celno-skarbowych, bo art. 93 ustawy o KAS wprost stanowi o niestosowaniu rozdz. 5 Pp do takich kontroli.

Co prawda na mocy art. 94 ust. 1 pkt 1 ustawy o KAS w zakresie nieuregulowanym do kontroli celno-skarbowej stosuje się odpowiednio art. 165b Op, jednak odpowiednie stosowanie nie oznacza w tym przypadku stosowania tego przepisu wprost. W szczególności nie skutkuje tym, że kontrola celno-skarbowa nie może być wszczęta po upływie 6 mies. od zakończenia kontroli podatkowej, a jedynie że przekształcenie kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe, o którym mowa w art. 83 ustawy o KAS, może nastąpić nie później niż w terminie 6 mies. od zakończenia kontroli celno-skarbowej. Potwierdził to NSA w wyroku z 3.03.2022 r. (I FSK 1264/21).

Nie oznacza to, że w każdym przypadku upływu 6 mies. od zakończenia kontroli podatkowej zostanie wszczęta kontrola celno-skarbowa. W myśl art. 58 ustawy o KAS kontrole celno-skarbowe, co do zasady, powinny uwzględniać ryzyko wystąpienia nieprawidłowości oraz ustalenie i ocenę środków niezbędnych do jego ograniczania, a ryzyko to oznacza „prawdopodobieństwo i skutki wystąpienia naruszenia przepisów prawa”.

Jednym z takich skutków jest wysokość ew. zaległości podatkowej, a więc nawet jeśli kontrola podatkowa wykazała nieprawidłowości powodujące powstanie zaległości podatkowej, to gdy nie jest ona znaczna, w praktyce naczelnik UCS nie zdecyduje się na wszczęcie kontroli celno-skarbowej. Nawet jeżeli ustalenia kontroli podatkowej są więcej niż prawdopodobne.