Jedną z kategorii stanowiących przedmiot opodatkowania u podatników ryczałtu od dochodów spółek (dalej ryczałt lub estoński CIT) jest dochód z tytułu zysku netto, powstający w momencie, w którym zysk ten zostaje przeznaczony do wypłaty wspólnikowi lub na pokrycie strat spółki powstałych przed przystąpieniem przez nią do estońskiego CIT. Taka decyzja wspólników, wyrażona w uchwale o podziale zysku, skutkuje tym, że na spółce ciążą obowiązki zarówno podatnika, jak i płatnika podatku dochodowego (PIT).

W modelu estońskiego CIT opodatkowanie spółki jest odroczone do momentu dystrybucji zysków do jej właś­cicieli. Za formę tej dystrybucji ustawodawca uznaje m.in. wypłatę ukrytych zysków (dalej UZ) oraz wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą (dalej WN).

Te dwie kategorie tworzące dochód objęty ryczałtem od dochodów spółek (dalej ryczałt) mają pewne cechy wspólne. W zakresie przedmiotowym w pewnym stopniu się pokrywają, tzn. niektóre wydatki czy świadczenia (np. darowizny) mogą być zaliczone do UZ albo do WN. O ich kwalifikacji decyduje to, na czyją rzecz są dokonywane: czy beneficjentem (bezpośrednio lub pośrednio) jest udziałowiec/akcjonariusz/wspólnik (dalej wspólnik) bądź podmiot z nim powiązany albo powiązany ze spółką, czy też nie.

Spółki wybierające ryczałt od dochodów spółek (dalej ryczałt albo estoński CIT) muszą się liczyć m.in. z nowymi lub zmienionymi obowiązkami w zakresie rachun­kowości.

Opodatkowana ryczałtem spółka ma obowiązek prowadzenia ksiąg rachunkowych oraz sporządzania sprawozdań finansowych (sf) na podstawie przepisów o rachunkowości – w sposób zapewniający prawidłowe okreś­lenie wysokości zysku/straty netto, podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku (art. 28d ust. 1 updop).

Ryczałt od dochodów spółek (dalej ryczałt lub estoński CIT) jest fakultatywną formą opodatkowania. Nie oznacza to jednak, że każdy podatnik CIT ma prawo ją wybrać. Updop zawiera pozytywny (art. 28j) oraz negatywny (art. 28k) katalog przesłanek warunkujących opodatkowanie w tym reżimie. Zasadniczo warunki te muszą być spełnione przez podatnika w momencie wyboru ryczałtu oraz przez cały okres jego stosowania. Konsekwencją złamania któregokolwiek z nich jest utrata prawa do ryczałtu i powrót do opodatkowania według zasad ogólnych (art. 28l updop) – niekiedy z mocą wsteczną (od początku roku podatkowego).

Wiele kontrowersji budzi przyjęta przez KIS metoda ustalania podstawy opodatkowania oraz momentu powstania obowiązku podatkowego w odniesieniu do poszczególnych wydatków. Przepisy podatkowe nie są w tym zakresie zsynchronizowane z prawem bilansowym. Obliczenie estońskiego CIT (dalej ryczałt) staje się więc nie lada wyzwaniem. Niejednokrotnie wymaga poszukiwania i zbierania zapisów oraz danych z wielu kont i dokumentów źródłowych.