Korekta cen transferowych w KSeF bez cofania rozliczeń VAT

Tak wynika z interpretacji KIS z 16.09.2026 r. (0114-KDIP1-1.4012.620.2026.1.AWY), dotyczącej rozliczania korekt cen transferowych dokumentowanych fakturami korygującymi wystawionymi z wykorzystaniem Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF).

Z wnioskiem o interpretację wystąpiły dwie spółki należące do grupy kapitałowej działającej w branży spożywczej. Spółka dominująca zajmowała się produkcją i sprzedażą towarów, natomiast spółka zależna odpowiadała za ich dalszą dystrybucję do mniejszych sklepów i podmiotów gastronomicznych. Zawarta między nimi umowa przewidywała okresową weryfikację rentowności transakcji, aby ceny stosowane między podmiotami powiązanymi odpowiadały warunkom rynkowym.

Weryfikacja była przeprowadzana kwartalnie, na podstawie rzeczywistych danych finansowych oraz porównania rentowności transakcji z podmiotami niepowiązanymi. Jeżeli analiza wykazała odchylenie od zakładanego poziomu rentowności, spółka dominująca odpowiednio obniżała lub podwyższała ceny sprzedanych wcześniej towarów. Korekty dotyczyły konkretnych pozycji asortymentowych i były dokumentowane zbiorczymi fakturami korygującymi. Dodatkowo po zakończeniu roku przewidziano możliwość ostatecznej korekty na podstawie pełnych danych finansowych.

Spółki chciały się dowiedzieć, czy takie korekty mogą rozliczać na bieżąco oraz w którym momencie sprzedawca i nabywca powinni odpowiednio zmniejszyć lub zwiększyć VAT.

Obniżenie ceny

KIS potwierdziła, że jeżeli okresowa kalkulacja rentowności prowadzi do obniżenia ceny sprzedanych towarów, zastosowanie ma art. 29a ust. 10 pkt 1 ustawy o VAT, zgodnie z którym podstawę opodatkowania obniża się m.in. o kwoty opustów i obniżek cen udzielonych po dokonaniu sprzedaży.

Moment rozliczenia takiej korekty określa art. 29a ust. 13 ustawy o VAT. W przypadku faktury korygującej wystawionej w postaci ustrukturyzowanej podstawę opodatkowania obniża się w okresie jej wystawienia. Z kolei art. 106na ust. 1 ustawy o VAT wskazuje, że fakturę ustrukturyzowaną uznaje się za wystawioną w dniu jej przesłania do KSeF. Oznacza to, że sprzedawca nie musi korygować VAT za okresy, w których wystawił faktury pierwotne. Obniżenie podatku należnego następuje w rozliczeniu za okres przesłania faktury korygującej do KSeF.

Nabywca natomiast powinien zmniejszyć podatek naliczony w okresie otrzymania faktury korygującej (art. 86 ust. 19a ustawy o VAT). W przypadku faktury ustrukturyzowanej jest to, co do zasady, dzień nadania jej numeru identyfikującego w KSeF, zgodnie z art. 106na ust. 3 ustawy.

Podwyższenie ceny

Jeśli chodzi o korekty zwiększające cenę towarów, to w myśl art. 29a ust. 17 ustawy o VAT w przypadku zwiększenia podstawy opodatkowania korekty dokonuje się w rozliczeniu za okres, w którym zaistniała przyczyna tego zwiększenia.

KIS uznała, że w opisanej sytuacji przyczyna korekty nie istniała w chwili wystawiania faktur pierwotnych. Podwyższenie ceny wynikało bowiem z późniejszej analizy rentowności, przeprowadzanej na podstawie danych finansowych dostępnych dopiero po zakończeniu danego okresu. Jak czytamy w interpretacji, przyczyna korekty jest nową okolicznością niemożliwą do przewidzenia w chwili wystawienia faktur pierwotnych przez spółkę na rzecz spółki dystrybucyjnej, gdyż dopiero w okresie, w którym dokonana zostanie kalkulacja rentowności, możliwe będzie ustalenie kwoty korekty. Kalkulacja opiera się bowiem na rzeczywistych danych finansowych transakcji spółki za dany okres, dostępnych na moment jej sporządzania.

Dlatego zwiększenie podstawy opodatkowania i podatku należnego należy wykazać w okresie ustalenia kwoty korekty. W rozpatrywanej sprawie był to również okres wystawienia faktury korygującej w KSeF. Nie ma zatem obowiązku korygowania rozliczeń za miesiące, w których dokonano pierwotnych dostaw.

Odnosząc się do momentu odliczenia podwyższonego VAT przez nabywcę (spółkę dystrybucyjną), KIS wskazała, że skoro ustawa o VAT nie zawiera odrębnych przepisów regulujących odliczanie podatku z faktur korygujących in plus, zastosowanie mają zasady ogólne (art. 86 ust. 10 i ust. 10b pkt 1). Może on zatem zwiększyć podatek naliczony niewcześniej niż w okresie otrzymania faktury korygującej. W przypadku faktury ustrukturyzowanej będzie to okres, w którym dokumentowi nadano numer KSeF. Odliczenie może też nastąpić w jednym z trzech kolejnych okresów rozliczeniowych, jeżeli podatnik rozlicza VAT miesięcznie. Nie jest konieczne korygowanie okresu, w którym odliczono VAT z faktury pierwotnej.

Nie każda korekta cen transferowych jest korektą VAT

W opisanym przypadku korekty cen transferowych przekładały się bezpośrednio na obniżenie lub podwyższenie cen jednostkowych wcześniej sprzedanych towarów. Nie były jedynie ogólnym wyrównaniem rentowności między spółkami, oderwanym od poszczególnych transakcji. Dlatego powinny być dokumentowane fakturami korygującymi.

Korekty cen transferowych wyrównujące roczny poziom rentowności usług do poziomu rynkowego, które nie odnoszą się do konkretnych transakcji, pozostają poza zakresem VAT. Nie powodują zatem obowiązku korekty podstawy opodatkowania ani wystawienia faktury. Mogą być dokumentowane notą księgową, co potwierdziła KIS w interpretacji z 9.03.2026 r. (0112-KDIL3.4012.98.2026.1.EW).

Istotne w sprawie było również to, że pierwotne faktury prawidłowo dokumentowały sprzedaż, a konieczność zmiany cen pojawiła się wskutek późniejszej kalkulacji. Gdyby przyczyną korekty in plus był błąd istniejący już w momencie wystawienia faktury pierwotnej, należałoby rozważyć jej wsteczne rozliczenie.